Η κατανομή των κονδυλίων του προγράμματος «ΘΗΣΕΑΣ», στις περιφέρειες, εξαρτάται από την Ελληνική Κυβέρνηση, υπογραμμίζει η Επίτροπος Περιφερειακής Πολιτικής της Κομισιόν κ. Hubner, σε απάντηση της σε σχετική γραπτή ερώτηση που υπέβαλλε ο Ευρωβουλευτής του ΠΑΣΟΚ και Πρόεδρος της Επιτροπής Πολιτισμού, Παιδείας και Μ.Μ.Ε. του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου Νίκος Σηφουνάκης, ο οποίος ανάμεσα στα άλλα ζητούσε και το σχόλιο της Επιτροπής για τις ενέργειες της Κυβέρνησης που αντί να προσπαθεί να μειώνει το χάσμα μεταξύ των Περιφερειών, όχι μόνο το αυξάνει, αλλά οδηγεί και σε οικονομικό μαρασμό ακριτικές περιοχές, όπως αυτή του Βoρείου Αιγαίου. Ειδικότερα στην απάντηση της προς τον κ. Σηφουνάκη η Επίτροπος Περιφεριακής Πολιτικής κα Hubner υπογραμμίζει : «Το πρόγραμμα «Θησέας» είναι ένα πρόγραμμα αποκλειστικά εθνικής χρηματοδότησης των ελληνικών περιφερειών. Η κατανομή των κονδυλίων για τις περιφέρειες αυτές εξαρτάται από την ελληνική κυβέρνηση και δεν εναπόκειται, επομένως, στην Επιτροπή να σχολιάσει τις προτεραιότητες που καθορίζονται σε εθνικό επίπεδο.» Πάντως ο κ. Σηφουνάκης σε δήλωση του μετά την συγκεκριμένη απάντηση της κα. Hubner επισημαίνει ότι και με βάση την απάντηση της αρμόδιας Επιτρόπου «η Ευρωπαϊκή Ένωση δεν είναι αρμόδια να κρίνει την κατανομή των κονδυλίων για ένα Ελληνικό πρόγραμμα όπως είναι το Πρόγραμμα ΘΗΣΕΑΣ». Παρ' όλα αυτά, υπογράμμισε στη δήλωση του ο κ. Σηφουνάκης «έκρινα σκόπιμο να υποβάλλω αυτή την ερώτηση, προκειμένου να υπάρξει ενημέρωση και ευαισθητοποίηση της Επιτροπής για τον ατυχή τρόπο με τον οποίο χειρίζεται η Κυβέρνηση τα θέματα, των με το μεγαλύτερο πρόβλημα νησιωτικών περιοχών, όπως αυτή του Βορείου Αιγαίου».